Jmol

Bu yazımızda Jmol konusunu geniş ve detaylı bir perspektiften ele alacağız. Bu konu farklı alanlarda tartışma ve inceleme konusu olmuştur, dolayısıyla onu çeşitli disiplinler ve yaklaşımlarla analiz etmek anlamlıdır. Makale boyunca, toplum üzerindeki etkisi, zaman içindeki gelişimi ve gelecekteki olası etkileri dahil olmak üzere Jmol ile ilgili farklı yönleri inceleyeceğiz. Ayrıca eksiksiz ve dengeli bir vizyon sunmak amacıyla bu konu etrafında var olan farklı görüş ve konumlara kendimizi kaptıracağız. Bu kapsamlı yaklaşım aracılığıyla okuyucuya Jmol hakkında derin ve zenginleştirici bir anlayış sunmayı, böylece bu konudaki bilgi ve düşünceyi zenginleştirmeyi amaçlıyoruz.

Jmol
Jmol programı ile streptavidin'in 3B yapısının gösterimi
Geliştirici(ler)Jmol geliştirme takımı
İlk yayınlanma2001) (2001)
Güncel sürüm16.3.7[1] Bunu Vikiveri'de düzenleyin 22 Aralık 2024
Programlama diliJava
İşletim sistemiÇapraz platform
PlatformJava içeren sistemler ve Java içermeyen Web tarayıcılar
Erişilebilirlik16 dil
Diller listesi
Katalanca, Çince, Çekçe, Danca, Felemenkçe, İngilizce, Fransızca, Almanca, Macarca, Endonezce, İtalyanca, Korece, Portekizce, İspanyolca, Türkçe, Ukraynaca[2]
TürMoleküler modelleme
LisansLGPL 2.0
Resmî sitesijmol.org
Kod deposusourceforge.net/projects/jmol

Jmol, kimyasal yapıların 3 boyutlu moleküler modellenmesine yönelik bir bilgisayar yazılımıdır.[3] Jmol, bir öğretim aracı olarak[4] veya örneğin kimya ve biyokimya araştırmaları için kullanılabilecek bir molekülün 3 boyutlu temsilini döndürür. Java programlama dilinde yazılmıştır, dolayısıyla Java yüklüyse Windows, MacOS, Linux ve Unix işletim sistemlerinde çalışabilir. GNU Kısıtlı Genel Kamu Lisansı (LGPL) sürüm 2.0 kapsamında yayımlanan ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılımdır.

Popüler bir özellik, molekülleri çeşitli şekillerde görüntülemek için web sayfalarına entegre edilebilen bir uygulamadır. Örneğin moleküller top ve çubuk modelleri, boşluk doldurma modelleri, şerit diyagramlar vb. olarak gösterilebilir.[5]

Ekran görüntüleri

  • Pyrococcus furiosustan bir H/ACA kutusu RNP'sinin kristal yapısı.
    Pyrococcus furiosustan bir H/ACA kutusu RNP'sinin kristal yapısı.
  • Hemoglobin tetramerindeki iki tuz köprüsü vurgulanmaktadır (hemo grubu sağ altta çubuklar halinde).
    Hemoglobin tetramerindeki iki tuz köprüsü vurgulanmaktadır (hemo grubu sağ altta çubuklar halinde).
  • Bir DNA parçasına bağlı, ardışık üç çinko parmak motifi oluşturan bir transkripsiyon faktörü TFIIIA parçası.
    Bir DNA parçasına bağlı, ardışık üç çinko parmak motifi oluşturan bir transkripsiyon faktörü TFIIIA parçası.
  • Thermus thermophilustan öbakteriyel 70S Ribozom.
    Thermus thermophilustan öbakteriyel 70S Ribozom.
  • Jmol üzerinde alfa-amilaz. Asp 300:camgöbeği, glu 233:macenta ve asp 197:sarı renkle gösterilmiş.
    Jmol üzerinde alfa-amilaz. Asp 300:camgöbeği, glu 233:macenta ve asp 197:sarı renkle gösterilmiş.
  • Peptit Nükleik Asit (PNA) yapısı
    Peptit Nükleik Asit (PNA) yapısı

Ayrıca bakınız

Kaynakça

  1. ^ "Jmol / Version 16.3 / Jmol 16.3.7". Erişim tarihi: 11 Ocak 2025. 
  2. ^ "Jmol translations". 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 6 Eylül 2023. 
  3. ^ Chen, Jim X. (2008), Springer (Ed.), Guide to Graphics Software Tools, s. 471, ISBN 978-1-84800-900-4 
  4. ^ Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue", Biochemistry and Molecular Biology Education, 34 (4), ss. 255-61, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644 Özgürce erişilebilir, PMID 21638687, 31 Mayıs 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi, erişim tarihi: 6 Eylül 2023 
  5. ^ Herráez, A (2007), Lulu (Ed.), How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, s. 21, ISBN 978-1-84799-259-8, 6 Eylül 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi, erişim tarihi: 6 Eylül 2023 

Dış bağlantılar

Wikimedia Commons'ta Jmol ile ilgili ortam dosyaları mevcuttur.